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Model info
Transcription factorVsx2
ModelVSX2_MOUSE.H11DI.0.C
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length13
Quality
C
Motif rank
0
ConsensusnhTAATTAGCYdn
Best auROC (human)
Best auROC (mouse)0.996
Peak sets in benchmark (human)
Peak sets in benchmark (mouse)3
Aligned words524
TF familyPaired-related HD factors {3.1.3}
TF subfamilyVSX {3.1.3.28}
MGIMGI:88401
EntrezGeneGeneID:12677
(SSTAR profile)
UniProt IDVSX2_MOUSE
UniProt ACQ61412
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 3.5386050000000004
0.0005 6.21339
0.0001 12.447915
GTEx tissue expression atlas Vsx2 expression
Motifs in JASPAR
MA0726.1 (VSX2; Homo sapiens)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
016.056.012.055.013.035.00.045.027.067.08.057.025.036.011.047.0
023.01.00.067.03.00.00.0191.00.00.01.030.01.00.00.0203.0
036.00.00.01.01.00.00.00.00.00.01.00.0481.04.05.01.0
04488.00.00.00.04.00.00.00.06.00.00.00.02.00.00.00.0
050.01.00.0499.00.00.00.00.00.00.00.00.00.00.00.00.0
060.00.00.00.00.00.00.01.00.00.00.00.00.00.02.0497.0
070.00.00.00.00.00.00.00.02.00.00.00.0490.00.08.00.0
082.00.0490.00.00.00.00.00.00.01.07.00.00.00.00.00.0
090.02.00.00.00.01.00.00.01.0479.06.011.00.00.00.00.0
100.00.00.01.012.0158.00.0312.00.04.00.02.00.02.00.09.0
113.00.03.06.040.030.06.088.00.00.00.00.075.044.081.0124.0
1258.016.019.025.018.024.07.025.025.019.032.014.061.090.041.026.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
01-1.60.578-0.9380.56-0.860.112-4.40.361-0.1440.756-1.3280.595-0.220.14-1.0220.404
02-2.234-3.126-4.40.756-2.234-4.4-4.41.8-4.4-4.4-3.126-0.04-3.126-4.4-4.41.861
03-1.6-4.4-4.4-3.126-3.126-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4-3.126-4.42.722-1.975-1.77-3.126
042.737-4.4-4.4-4.4-1.975-4.4-4.4-4.4-1.6-4.4-4.4-4.4-2.584-4.4-4.4-4.4
05-4.4-3.126-4.42.759-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4
06-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4-3.126-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4-2.5842.755
07-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4-2.584-4.4-4.4-4.42.741-4.4-1.328-4.4
08-2.584-4.42.741-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4-3.126-1.454-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4
09-4.4-2.584-4.4-4.4-4.4-3.126-4.4-4.4-3.1262.718-1.6-1.022-4.4-4.4-4.4-4.4
10-4.4-4.4-4.4-3.126-0.9381.611-4.42.29-4.4-1.975-4.4-2.584-4.4-2.584-4.4-1.215
11-2.234-4.4-2.234-1.60.244-0.04-1.61.027-4.4-4.4-4.4-4.40.8680.3390.9451.369
120.613-0.658-0.49-0.22-0.543-0.26-1.454-0.22-0.22-0.490.023-0.7880.6631.050.269-0.181