Check the newest release v13
Model info
Transcription factorBARX1
(GeneCards)
ModelBARX1_HUMAN.H11DI.0.D
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length12
Quality
D
Motif rank
0
ConsensusnbWAAKKRTTTh
Best auROC (human)0.566
Best auROC (mouse)0.832
Peak sets in benchmark (human)2
Peak sets in benchmark (mouse)2
Aligned words462
TF familyNK-related factors {3.1.2}
TF subfamilyBARX {3.1.2.2}
HGNCHGNC:955
EntrezGeneGeneID:56033
(SSTAR profile)
UniProt IDBARX1_HUMAN
UniProt ACQ9HBU1
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 11.49858
0.0005 13.1944
0.0001 16.455265
GTEx tissue expression atlas BARX1 expression
ReMap ChIP-seq dataset list BARX1 datasets
Motifs in JASPAR
MA0875.1 (BARX1; Homo sapiens)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
019.044.028.030.010.036.04.044.016.044.020.026.09.042.044.055.0
0213.00.00.031.050.03.00.0113.024.04.08.060.030.02.03.0120.0
03102.011.02.02.06.02.00.01.011.00.00.00.0299.014.03.08.0
04414.01.02.01.026.00.01.00.05.00.00.00.07.02.01.01.0
0528.024.087.0313.00.01.00.02.00.00.01.03.00.01.01.00.0
065.04.02.017.06.02.06.012.09.01.019.060.033.010.0173.0102.0
072.03.045.03.00.02.014.01.027.022.0130.021.021.08.0161.01.0
080.00.01.049.00.02.01.032.05.063.013.0269.00.03.03.020.0
093.00.00.02.010.07.00.051.01.00.01.016.026.08.015.0321.0
102.00.00.038.00.02.00.013.01.00.04.011.019.05.012.0354.0
117.05.04.06.01.01.00.05.05.01.07.03.0106.097.037.0176.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
01-1.1350.419-0.0280.04-1.0340.22-1.8960.419-0.5780.419-0.359-0.101-1.1350.3730.4190.64
02-0.78-4.333-4.3330.0720.546-2.155-4.3331.357-0.18-1.896-1.2480.7270.04-2.506-2.1551.417
031.255-0.942-2.506-2.506-1.52-2.506-4.333-3.05-0.942-4.333-4.333-4.3332.328-0.708-2.155-1.248
042.653-3.05-2.506-3.05-0.101-4.333-3.05-4.333-1.691-4.333-4.333-4.333-1.375-2.506-3.05-3.05
05-0.028-0.181.0962.373-4.333-3.05-4.333-2.506-4.333-4.333-3.05-2.155-4.333-3.05-3.05-4.333
06-1.691-1.896-2.506-0.519-1.52-2.506-1.52-0.858-1.135-3.05-0.410.7270.134-1.0341.7811.255
07-2.506-2.1550.441-2.155-4.333-2.506-0.708-3.05-0.064-0.2661.496-0.311-0.311-1.2481.71-3.05
08-4.333-4.333-3.050.526-4.333-2.506-3.050.104-1.6910.775-0.782.222-4.333-2.155-2.155-0.359
09-2.155-4.333-4.333-2.506-1.034-1.375-4.3330.565-3.05-4.333-3.05-0.578-0.101-1.248-0.6412.399
10-2.506-4.333-4.3330.274-4.333-2.506-4.333-0.78-3.05-4.333-1.896-0.942-0.41-1.691-0.8582.496
11-1.375-1.691-1.896-1.52-3.05-3.05-4.333-1.691-1.691-3.05-1.375-2.1551.2931.2050.2471.799