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Model info
Transcription factorCtcf
ModelCTCF_MOUSE.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length23
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusnbbRCCRSYAGGKGGCGSbvbnb
Best auROC (human)0.999
Best auROC (mouse)1.0
Peak sets in benchmark (human)502
Peak sets in benchmark (mouse)263
Aligned words495
TF familyMore than 3 adjacent zinc finger factors {2.3.3}
TF subfamilyCTCF-like factors {2.3.3.50}
MGIMGI:109447
EntrezGeneGeneID:13018
(SSTAR profile)
UniProt IDCTCF_MOUSE
UniProt ACQ61164
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 -1.62924
0.0005 1.04461
0.0001 6.776660000000001
GTEx tissue expression atlas Ctcf expression
Motifs in JASPAR
MA0139.1 (CTCF; Homo sapiens)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
0110.029.014.045.05.046.019.061.021.062.017.072.03.046.013.032.0
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183.015.03.09.029.088.037.0181.09.073.012.026.01.06.03.00.0
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2110.012.018.04.038.020.029.034.074.049.032.025.022.028.062.038.0
2215.019.099.011.016.024.049.020.022.028.074.017.03.022.065.011.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
01-1.104-0.064-0.7780.371-1.760.393-0.480.673-0.3820.689-0.5890.838-2.2240.393-0.850.033
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11-4.392-4.392-2.574-4.392-4.392-4.392-4.392-4.3921.7-4.3922.325-3.117-4.392-4.392-3.117-4.392
12-2.574-2.5741.3950.279-4.392-4.392-4.392-4.392-0.778-0.7781.8151.194-4.392-4.392-3.117-4.392
13-4.392-4.392-0.711-3.117-4.392-4.392-0.648-4.392-2.574-3.1172.303-2.224-4.392-4.3921.528-4.392
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16-2.574-4.392-0.098-3.1171.387-2.5742.319-3.117-4.392-3.117-4.392-4.392-4.392-3.117-0.648-4.392
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