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Model info
Transcription factorHNF4A
(GeneCards)
ModelHNF4A_HUMAN.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length16
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusnvRGdnCAAAGTYCWn
Best auROC (human)0.988
Best auROC (mouse)0.987
Peak sets in benchmark (human)49
Peak sets in benchmark (mouse)33
Aligned words504
TF familyRXR-related receptors (NR2) {2.1.3}
TF subfamilyHNF-4 (NR2A) {2.1.3.2}
HGNCHGNC:5024
EntrezGeneGeneID:3172
(SSTAR profile)
UniProt IDHNF4A_HUMAN
UniProt ACP41235
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 7.978010000000001
0.0005 10.21301
0.0001 14.880560000000001
GTEx tissue expression atlas HNF4A expression
ReMap ChIP-seq dataset list HNF4A datasets
Motifs in JASPAR
MA0114.1 (HNF4A; )
MA0114.2 (HNF4A; Homo sapiens)
MA0114.3 (Hnf4a; Mus musculus)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
0164.032.079.013.031.022.017.028.040.015.037.05.019.016.070.09.0
0282.03.053.016.054.01.012.018.094.03.099.07.016.03.028.08.0
0319.05.0208.014.02.00.06.02.09.06.0157.020.00.00.046.03.0
045.00.010.015.01.01.00.09.063.025.0172.0157.04.01.08.026.0
059.09.024.031.05.010.02.010.039.031.068.052.024.0111.025.047.0
060.071.00.06.03.0145.00.013.02.0103.03.011.01.0133.02.04.0
073.01.02.00.0441.04.07.00.04.01.00.00.031.00.03.00.0
08434.01.039.05.04.00.02.00.08.00.04.00.00.00.00.00.0
09428.02.015.01.01.00.00.00.044.00.00.01.03.00.00.02.0
103.02.0462.09.00.00.01.01.00.00.015.00.00.00.04.00.0
110.01.02.00.00.00.00.02.05.02.0102.0373.01.00.01.08.0
120.01.01.04.00.02.00.01.04.09.020.072.020.0298.016.049.0
130.022.02.00.03.0278.01.028.03.031.02.01.02.0109.04.011.0
143.01.02.02.0345.017.025.053.01.03.05.00.019.07.013.01.0
15102.086.0116.064.05.06.03.014.010.011.017.07.04.024.010.018.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
010.7170.0290.926-0.854-0.002-0.34-0.593-0.1020.25-0.7150.173-1.764-0.484-0.6520.806-1.209
020.963-2.2280.529-0.6520.548-3.121-0.932-0.5371.099-2.2281.151-1.449-0.652-2.228-0.102-1.322
03-0.484-1.7641.891-0.782-2.578-4.395-1.594-2.578-1.209-1.5941.61-0.433-4.395-4.3950.389-2.228
04-1.764-4.395-1.108-0.715-3.121-3.121-4.395-1.2090.701-0.2141.7011.61-1.97-3.121-1.322-0.176
05-1.209-1.209-0.254-0.002-1.764-1.108-2.578-1.1080.225-0.0020.7770.51-0.2541.265-0.2140.41
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07-2.228-3.121-2.578-4.3952.642-1.97-1.449-4.395-1.97-3.121-4.395-4.395-0.002-4.395-2.228-4.395
082.626-3.1210.225-1.764-1.97-4.395-2.578-4.395-1.322-4.395-1.97-4.395-4.395-4.395-4.395-4.395
092.612-2.578-0.715-3.121-3.121-4.395-4.395-4.3950.345-4.395-4.395-3.121-2.228-4.395-4.395-2.578
10-2.228-2.5782.688-1.209-4.395-4.395-3.121-3.121-4.395-4.395-0.715-4.395-4.395-4.395-1.97-4.395
11-4.395-3.121-2.578-4.395-4.395-4.395-4.395-2.578-1.764-2.5781.182.474-3.121-4.395-3.121-1.322
12-4.395-3.121-3.121-1.97-4.395-2.578-4.395-3.121-1.97-1.209-0.4330.834-0.4332.25-0.6520.451
13-4.395-0.34-2.578-4.395-2.2282.181-3.121-0.102-2.228-0.002-2.578-3.121-2.5781.246-1.97-1.016
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