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Retracted!
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Model info
Transcription factorNFKB1
(GeneCards)
ModelNFKB1_HUMAN.H11DI.0.A RETRACTED!!!
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length14
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusnWGGGRAAbhSMSh
Best auROC (human)0.867
Best auROC (mouse)0.958
Peak sets in benchmark (human)7
Peak sets in benchmark (mouse)16
Aligned words319
TF familyNF-kappaB-related factors {6.1.1}
TF subfamilyNF-kappaB p50 subunit-like factors {6.1.1.1}
HGNCHGNC:7794
EntrezGeneGeneID:4790
(SSTAR profile)
UniProt IDNFKB1_HUMAN
UniProt ACP19838
(TFClass)
CommentRetracted motif!
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 10.093110000000001
0.0005 11.81736
0.0001 15.314165000000001
GTEx tissue expression atlas NFKB1 expression
ReMap ChIP-seq dataset list NFKB1 datasets
Motifs in JASPAR
MA0105.1 (NFKB1; Mus musculus/Rattus norvegicus/Homo sapiens/Oryctolagus cuniculus)
MA0105.2 (NFKB1; Homo sapiens)
MA0105.3 (NFKB1; Homo sapiens)
MA0105.4 (NFKB1; Homo sapiens)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
0147.04.06.018.025.04.09.018.051.02.01.015.026.01.022.014.0
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030.00.03.00.01.00.03.01.046.01.0198.02.02.00.06.00.0
044.00.045.00.00.00.01.00.020.00.0188.02.00.00.02.01.0
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117.05.03.07.039.0130.03.02.032.014.01.04.07.04.02.03.0
124.031.041.09.05.0132.04.012.02.03.03.01.00.08.02.06.0
132.03.01.05.060.032.020.062.028.05.013.04.015.02.07.04.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
011.037-1.351-0.9720.0890.412-1.351-0.5850.0891.118-1.967-2.522-0.090.451-2.5220.286-0.157
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03-3.875-3.875-1.612-3.875-2.522-3.875-1.612-2.5221.016-2.5222.469-1.967-1.967-3.875-0.972-3.875
04-1.351-3.8750.994-3.875-3.875-3.875-2.522-3.8750.192-3.8752.418-1.967-3.875-3.875-1.967-2.522
050.033-3.875-0.972-2.522-3.875-3.875-3.875-3.8752.323-1.6121.229-1.144-1.612-3.875-3.875-3.875
062.232-1.9670.488-0.972-2.522-3.875-1.967-3.8751.312-3.875-2.522-3.875-1.612-3.875-3.875-1.612
072.485-1.351-0.585-0.698-1.967-3.875-3.875-3.8750.488-2.522-1.967-3.875-0.698-3.875-2.522-3.875
080.3720.5921.7261.683-1.612-1.967-3.875-3.875-2.522-2.522-0.972-1.351-3.875-1.612-1.351-2.522
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10-1.3510.6560.286-0.826-0.5851.374-0.585-1.967-1.144-0.484-0.391-1.967-1.3511.374-0.585-1.144
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