We, Russian scientists of the autosome team, are depressed by the dire events caused by Russian military actions in Ukraine.
We express our condolences to all affected people and sincerely hope for a prompt transition to peace.
Model info
Transcription factorNR4A1
(GeneCards)
ModelNR4A1_HUMAN.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length10
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusnAAAKGYCAn
Best auROC (human)0.93
Best auROC (mouse)0.516
Peak sets in benchmark (human)12
Peak sets in benchmark (mouse)2
Aligned words507
TF familyNGFI-B-related receptors (NR4) {2.1.4}
TF subfamilyNGFI-B (NR4A1) {2.1.4.0.1}
HGNCHGNC:7980
EntrezGeneGeneID:3164
(SSTAR profile)
UniProt IDNR4A1_HUMAN
UniProt ACP22736
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 9.934294999999999
0.0005 12.077415
0.0001 16.06807
GTEx tissue expression atlas NR4A1 expression
ReMap ChIP-seq dataset list NR4A1 datasets
Motifs in JASPAR
MA1112.1 (NR4A1; Homo sapiens)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
01129.01.05.04.0106.00.02.04.080.02.07.04.0131.01.010.09.0
02431.00.09.06.01.00.03.00.021.00.03.00.016.00.03.02.0
03463.02.03.01.00.00.00.00.018.00.00.00.07.00.01.00.0
046.03.0322.0157.00.00.01.01.01.02.01.00.00.00.01.00.0
050.01.05.01.00.01.04.00.05.02.0313.05.02.01.0154.01.0
061.01.02.03.00.02.01.02.010.055.045.0366.00.01.00.06.0
072.06.03.00.00.056.00.03.02.042.02.02.00.0343.02.032.0
082.00.02.00.0422.01.010.014.05.01.00.01.024.03.09.01.0
09126.0129.0113.085.00.03.01.01.07.05.03.06.00.02.011.03.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
011.418-3.117-1.76-1.9661.223-4.392-2.574-1.9660.942-2.574-1.445-1.9661.434-3.117-1.104-1.205
022.623-4.392-1.205-1.59-3.117-4.392-2.224-4.392-0.382-4.392-2.224-4.392-0.648-4.392-2.224-2.574
032.694-2.574-2.224-3.117-4.392-4.392-4.392-4.392-0.533-4.392-4.392-4.392-1.445-4.392-3.117-4.392
04-1.59-2.2242.3311.614-4.392-4.392-3.117-3.117-3.117-2.574-3.117-4.392-4.392-4.392-3.117-4.392
05-4.392-3.117-1.76-3.117-4.392-3.117-1.966-4.392-1.76-2.5742.303-1.76-2.574-3.1171.595-3.117
06-3.117-3.117-2.574-2.224-4.392-2.574-3.117-2.574-1.1040.570.3712.459-4.392-3.117-4.392-1.59
07-2.574-1.59-2.224-4.392-4.3920.588-4.392-2.224-2.5740.302-2.574-2.574-4.3922.394-2.5740.033
08-2.574-4.392-2.574-4.3922.601-3.117-1.104-0.778-1.76-3.117-4.392-3.117-0.25-2.224-1.205-3.117
091.3951.4181.2861.003-4.392-2.224-3.117-3.117-1.445-1.76-2.224-1.59-4.392-2.574-1.012-2.224