We, Russian scientists of the autosome team, are depressed by the dire events caused by Russian military actions in Ukraine.
We express our condolences to all affected people and sincerely hope for a prompt transition to peace.
Model info
Transcription factorNr4a1
ModelNR4A1_MOUSE.H11DI.0.B
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length10
Quality
B
Motif rank
0
ConsensusnAAAKGYCAn
Best auROC (human)0.929
Best auROC (mouse)0.586
Peak sets in benchmark (human)12
Peak sets in benchmark (mouse)2
Aligned words511
TF familyNGFI-B-related receptors (NR4) {2.1.4}
TF subfamilyNGFI-B (Nur77, NR4A1) {2.1.4.0.1}
MGIMGI:1352454
EntrezGeneGeneID:15370
(SSTAR profile)
UniProt IDNR4A1_MOUSE
UniProt ACP12813
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 10.418235
0.0005 11.870305
0.0001 16.342489999999998
GTEx tissue expression atlas Nr4a1 expression
Motifs in JASPAR
MA1112.1 (NR4A1; Homo sapiens)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
01109.01.015.012.091.01.01.08.0111.02.01.03.0123.02.013.07.0
02422.01.09.02.04.00.02.00.027.01.02.00.026.00.03.01.0
03474.03.02.00.02.00.00.00.016.00.00.00.03.00.00.00.0
049.03.0295.0188.00.00.00.03.01.00.01.00.00.00.00.00.0
051.00.09.00.00.01.02.00.02.03.0287.04.012.01.0177.01.0
061.02.08.04.01.01.00.03.011.076.056.0332.00.00.02.03.0
070.011.02.00.05.069.02.03.01.058.06.01.04.0319.02.017.0
088.02.00.00.0428.08.015.06.010.01.00.01.020.01.00.00.0
09137.0111.0113.0105.02.05.04.01.03.06.01.05.01.02.02.02.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
011.241-3.126-0.721-0.9381.061-3.126-3.126-1.3281.259-2.584-3.126-2.2341.361-2.584-0.86-1.454
022.592-3.126-1.215-2.584-1.975-4.4-2.584-4.4-0.144-3.126-2.584-4.4-0.181-4.4-2.234-3.126
032.708-2.234-2.584-4.4-2.584-4.4-4.4-4.4-0.658-4.4-4.4-4.4-2.234-4.4-4.4-4.4
04-1.215-2.2342.2341.784-4.4-4.4-4.4-2.234-3.126-4.4-3.126-4.4-4.4-4.4-4.4-4.4
05-3.126-4.4-1.215-4.4-4.4-3.126-2.584-4.4-2.584-2.2342.206-1.975-0.938-3.1261.724-3.126
06-3.126-2.584-1.328-1.975-3.126-3.126-4.4-2.234-1.0220.8810.5782.352-4.4-4.4-2.584-2.234
07-4.4-1.022-2.584-4.4-1.770.785-2.584-2.234-3.1260.613-1.6-3.126-1.9752.312-2.584-0.599
08-1.328-2.584-4.4-4.42.606-1.328-0.721-1.6-1.114-3.126-4.4-3.126-0.439-3.126-4.4-4.4
091.4681.2591.2761.203-2.584-1.77-1.975-3.126-2.234-1.6-3.126-1.77-3.126-2.584-2.584-2.584