Check the newest release v13
Model info
Transcription factorPAX6
(GeneCards)
ModelPAX6_HUMAN.H11DI.0.C
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length15
Quality
C
Motif rank
0
ConsensushKYMYGCWTSRvYKv
Best auROC (human)0.68
Best auROC (mouse)0.791
Peak sets in benchmark (human)6
Peak sets in benchmark (mouse)8
Aligned words504
TF familyPaired plus homeo domain {3.2.1}
TF subfamilyPAX-4/6 {3.2.1.2}
HGNCHGNC:8620
EntrezGeneGeneID:5080
(SSTAR profile)
UniProt IDPAX6_HUMAN
UniProt ACP26367
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 8.886310000000002
0.0005 10.647210000000001
0.0001 14.261960000000002
GTEx tissue expression atlas PAX6 expression
ReMap ChIP-seq dataset list PAX6 datasets
Motifs in JASPAR
MA0069.1 (Pax6; Homo sapiens)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
0110.04.08.034.028.03.08.096.06.05.08.017.023.05.043.0202.0
024.037.00.026.00.09.00.08.03.030.02.032.08.0101.07.0233.0
0311.03.00.01.0144.019.06.08.01.07.00.01.059.0205.012.023.0
044.0147.02.062.027.0141.00.066.01.09.00.08.02.020.02.09.0
056.00.028.00.0127.01.0186.03.00.00.04.00.09.00.0134.02.0
060.0105.033.04.00.01.00.00.03.0298.050.01.00.02.03.00.0
070.03.00.00.0162.058.06.0180.027.015.05.039.01.01.00.03.0
086.05.04.0175.00.07.01.069.00.00.02.09.01.047.02.0172.0
090.05.02.00.01.042.011.05.00.05.04.00.03.0114.0305.03.0
101.00.02.01.0140.07.012.07.0184.016.093.029.04.01.02.01.0
1162.0124.0111.032.05.014.02.03.011.044.030.024.01.026.08.03.0
123.014.02.060.012.018.08.0170.04.030.06.0111.01.07.03.051.0
132.01.015.02.012.00.047.010.09.00.04.06.026.06.0307.053.0
1414.021.012.02.02.02.00.03.0167.0115.066.025.016.030.020.05.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
01-1.114-1.975-1.3280.083-0.108-2.234-1.3281.114-1.6-1.77-1.328-0.599-0.302-1.770.3161.856
02-1.9750.167-4.4-0.181-4.4-1.215-4.4-1.328-2.234-0.04-2.5840.023-1.3281.165-1.4541.998
03-1.022-2.234-4.4-3.1261.518-0.49-1.6-1.328-3.126-1.454-4.4-3.1260.631.871-0.938-0.302
04-1.9751.539-2.5840.679-0.1441.497-4.40.741-3.126-1.215-4.4-1.328-2.584-0.439-2.584-1.215
05-1.6-4.4-0.108-4.41.393-3.1261.773-2.234-4.4-4.4-1.975-4.4-1.215-4.41.446-2.584
06-4.41.2030.054-1.975-4.4-3.126-4.4-4.4-2.2342.2440.465-3.126-4.4-2.584-2.234-4.4
07-4.4-2.234-4.4-4.41.6360.613-1.61.741-0.144-0.721-1.770.219-3.126-3.126-4.4-2.234
08-1.6-1.77-1.9751.713-4.4-1.454-3.1260.785-4.4-4.4-2.584-1.215-3.1260.404-2.5841.695
09-4.4-1.77-2.584-4.4-3.1260.293-1.022-1.77-4.4-1.77-1.975-4.4-2.2341.2852.267-2.234
10-3.126-4.4-2.584-3.1261.49-1.454-0.938-1.4541.763-0.6581.082-0.074-1.975-3.126-2.584-3.126
110.6791.3691.2590.023-1.77-0.788-2.584-2.234-1.0220.339-0.04-0.26-3.126-0.181-1.328-2.234
12-2.234-0.788-2.5840.646-0.938-0.543-1.3281.684-1.975-0.04-1.61.259-3.126-1.454-2.2340.485
13-2.584-3.126-0.721-2.584-0.938-4.40.404-1.114-1.215-4.4-1.975-1.6-0.181-1.62.2740.523
14-0.788-0.392-0.938-2.584-2.584-2.584-4.4-2.2341.6661.2940.741-0.22-0.658-0.04-0.439-1.77