Check the newest release v12
Model info
Transcription factorPBX1
(GeneCards)
ModelPBX1_HUMAN.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length12
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusnWGAbWGRCARv
Best auROC (human)0.94
Best auROC (mouse)0.873
Peak sets in benchmark (human)2
Peak sets in benchmark (mouse)36
Aligned words527
TF familyTALE-type homeo domain factors {3.1.4}
TF subfamilyPBX {3.1.4.4}
HGNCHGNC:8632
EntrezGeneGeneID:5087
(SSTAR profile)
UniProt IDPBX1_HUMAN
UniProt ACP40424
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 8.90378
0.0005 10.808385000000001
0.0001 14.80593
GTEx tissue expression atlas PBX1 expression
ReMap ChIP-seq dataset list PBX1 datasets
Motifs in JASPAR
MA0070.1 (PBX1; Homo sapiens)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
0110.06.08.048.030.04.017.0125.020.012.012.090.09.08.012.089.0
024.02.061.02.01.02.027.00.02.00.047.00.014.05.0321.012.0
0316.01.01.03.06.01.00.02.0440.02.07.07.012.00.01.01.0
0419.0118.0168.0169.00.00.03.01.02.02.01.04.00.00.07.06.0
057.00.01.013.024.02.017.077.04.013.06.0156.06.05.014.0155.0
062.00.039.00.02.00.018.00.01.01.036.00.02.02.0378.019.0
074.00.03.00.03.00.00.00.0328.01.0133.09.09.00.03.07.0
082.0318.02.022.00.01.00.00.00.0132.01.06.00.016.00.00.0
092.00.00.00.0370.02.072.023.02.00.00.01.08.00.018.02.0
1052.018.0282.030.02.00.00.00.06.04.074.06.08.03.012.03.0
1119.09.032.08.06.07.06.06.062.0138.0127.041.04.012.017.06.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
01-1.114-1.6-1.3280.425-0.04-1.975-0.5991.377-0.439-0.938-0.9381.05-1.215-1.328-0.9381.039
02-1.975-2.5840.663-2.584-3.126-2.584-0.144-4.4-2.584-4.40.404-4.4-0.788-1.772.318-0.938
03-0.658-3.126-3.126-2.234-1.6-3.126-4.4-2.5842.633-2.584-1.454-1.454-0.938-4.4-3.126-3.126
04-0.491.321.6721.678-4.4-4.4-2.234-3.126-2.584-2.584-3.126-1.975-4.4-4.4-1.454-1.6
05-1.454-4.4-3.126-0.86-0.26-2.584-0.5990.894-1.975-0.86-1.61.598-1.6-1.77-0.7881.592
06-2.584-4.40.219-4.4-2.584-4.4-0.543-4.4-3.126-3.1260.14-4.4-2.584-2.5842.482-0.49
07-1.975-4.4-2.234-4.4-2.234-4.4-4.4-4.42.34-3.1261.439-1.215-1.215-4.4-2.234-1.454
08-2.5842.309-2.584-0.346-4.4-3.126-4.4-4.4-4.41.431-3.126-1.6-4.4-0.658-4.4-4.4
09-2.584-4.4-4.4-4.42.46-2.5840.828-0.302-2.584-4.4-4.4-3.126-1.328-4.4-0.543-2.584
100.504-0.5432.189-0.04-2.584-4.4-4.4-4.4-1.6-1.9750.855-1.6-1.328-2.234-0.938-2.234
11-0.49-1.2150.023-1.328-1.6-1.454-1.6-1.60.6791.4761.3930.269-1.975-0.938-0.599-1.6