We, Russian scientists of the autosome team, are depressed by the dire events caused by Russian military actions in Ukraine.
We express our condolences to all affected people and sincerely hope for a prompt transition to peace.
Model info
Transcription factorPrdm9
ModelPRDM9_MOUSE.H11DI.0.C
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length21
Quality
C
Motif rank
0
ConsensusnhdnddRRYAGYAvCWbChbv
Best auROC (human)
Best auROC (mouse)0.91
Peak sets in benchmark (human)
Peak sets in benchmark (mouse)4
Aligned words245
TF familyFactors with multiple dispersed zinc fingers {2.3.4}
TF subfamilyunclassified {2.3.4.0}
MGIMGI:2384854
EntrezGene
UniProt IDPRDM9_MOUSE
UniProt ACQ96EQ9
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 8.978860000000001
0.0005 10.85776
0.0001 14.806260000000002
GTEx tissue expression atlas Prdm9 expression
Motifs in JASPAR
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
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0332.016.049.036.018.03.03.04.015.011.017.08.06.08.014.05.0
0438.03.025.05.027.00.04.07.039.012.021.011.022.01.027.03.0
0543.010.037.036.09.01.00.06.019.015.06.037.06.02.011.07.0
068.00.062.07.08.01.07.012.07.00.045.02.09.03.065.09.0
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142.035.02.02.00.059.00.00.07.0109.00.03.00.025.00.01.0
153.00.03.03.0133.017.02.076.00.01.01.00.05.01.00.00.0
1612.061.031.037.07.03.03.06.01.00.02.03.03.012.016.048.0
174.014.05.00.07.064.00.05.01.045.04.02.03.084.07.00.0
186.03.02.04.051.032.05.0119.08.01.03.04.04.02.01.00.0
198.016.028.017.013.07.01.017.03.02.02.04.04.015.076.032.0
204.09.013.02.016.05.010.09.019.019.058.011.017.08.028.017.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
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12-1.282-3.818-1.282-3.8182.048-2.455-2.455-1.899-0.757-2.455-1.075-1.8991.459-1.5440.399-1.282
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14-1.8990.814-1.899-1.899-3.8181.332-3.818-3.818-0.7571.944-3.818-1.544-3.8180.482-3.818-2.455
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