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Model info
Transcription factorRARA
(GeneCards)
ModelRARA_HUMAN.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length23
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusvddRRbbvvRAGKTCARRRbYRn
Best auROC (human)0.954
Best auROC (mouse)0.935
Peak sets in benchmark (human)29
Peak sets in benchmark (mouse)32
Aligned words356
TF familyThyroid hormone receptor-related factors (NR1) {2.1.2}
TF subfamilyRetinoic acid receptors (NR1B) {2.1.2.1}
HGNCHGNC:9864
EntrezGeneGeneID:5914
(SSTAR profile)
UniProt IDRARA_HUMAN
UniProt ACP10276
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 7.88851
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0.0001 14.092210000000001
GTEx tissue expression atlas RARA expression
ReMap ChIP-seq dataset list RARA datasets
Motifs in JASPAR
MA0159.1 (RARA::RXRA; Homo sapiens)
MA0729.1 (RARA; Homo sapiens)
MA1149.1 (RARA::RXRG; Homo sapiens)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
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214.01.013.01.0167.014.08.013.014.03.021.014.021.09.022.022.0
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PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
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