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Model info
Transcription factorRFX2
(GeneCards)
ModelRFX2_HUMAN.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length20
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusbbbGTTGCCAKGGhRACvvv
Best auROC (human)0.981
Best auROC (mouse)0.993
Peak sets in benchmark (human)7
Peak sets in benchmark (mouse)7
Aligned words355
TF familyRFX-related factors {3.3.3}
TF subfamilyRFX2 {3.3.3.0.2}
HGNCHGNC:9983
EntrezGeneGeneID:5990
(SSTAR profile)
UniProt IDRFX2_HUMAN
UniProt ACP48378
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 0.24761
0.0005 2.82601
0.0001 8.37251
GTEx tissue expression atlas RFX2 expression
ReMap ChIP-seq dataset list RFX2 datasets
Motifs in JASPAR
MA0600.1 (RFX2; Homo sapiens)
MA0600.2 (RFX2; Homo sapiens)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
016.021.05.09.04.061.029.029.012.080.026.021.03.028.018.03.0
021.07.014.03.023.061.082.024.06.047.019.06.05.014.037.06.0
031.00.034.00.01.00.0128.00.01.00.0151.00.01.00.038.00.0
040.00.00.04.00.00.00.00.02.03.01.0345.00.00.00.00.0
050.00.00.02.00.00.00.03.00.00.00.01.06.024.05.0314.0
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110.00.037.00.01.00.020.00.00.01.060.00.016.01.0219.00.0
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163.0262.04.018.00.017.03.03.00.032.01.03.04.02.01.02.0
171.06.00.00.068.099.0112.034.02.03.03.01.04.02.016.04.0
1812.09.052.02.025.020.059.06.027.045.051.08.06.010.019.04.0
196.023.037.04.08.025.039.012.026.064.070.021.02.07.09.02.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
01-1.265-0.054-1.436-0.879-1.6421.0010.2640.264-0.6011.2710.156-0.054-1.9020.229-0.205-1.902
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03-2.803-4.1180.421-4.118-2.803-4.1181.739-4.118-2.803-4.1181.904-4.118-2.803-4.1180.531-4.118
04-4.118-4.118-4.118-1.642-4.118-4.118-4.118-4.118-2.254-1.902-2.8032.729-4.118-4.118-4.118-4.118
05-4.118-4.118-4.118-2.254-4.118-4.118-4.118-1.902-4.118-4.118-4.118-2.803-1.2650.077-1.4362.635
06-2.254-4.118-1.902-2.803-1.642-4.118-0.205-2.254-2.803-4.118-1.642-4.1180.677-4.1182.438-0.205
07-4.1180.803-4.118-2.803-4.118-4.118-4.118-4.118-4.1182.423-4.1180.264-4.118-0.054-4.118-4.118
08-4.118-4.118-4.118-4.118-4.1182.411-4.1181.193-4.118-4.118-4.118-4.118-4.1180.156-4.118-1.642
09-4.118-4.118-4.118-4.1182.275-0.523-0.1520.156-4.118-4.118-4.118-4.1181.123-4.118-0.992-2.803
100.118-0.2610.5572.219-2.803-2.254-1.265-1.642-1.642-2.254-0.879-0.601-1.119-4.118-1.119-0.523
11-4.118-4.1180.505-4.118-2.803-4.118-0.102-4.118-4.118-2.8030.985-4.118-0.321-2.8032.275-4.118
12-2.254-4.118-0.384-4.118-4.118-4.118-2.254-4.1180.193-1.9022.609-4.118-4.118-4.118-4.118-4.118
13-2.8030.077-1.642-4.118-2.803-2.254-4.118-4.1181.3771.8630.6070.763-4.118-4.118-4.118-4.118
140.077-2.2541.033-2.2541.295-2.2541.331-2.2540.297-2.254-0.685-2.254-0.205-2.2540.035-1.436
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