We, Russian scientists of the autosome team, are depressed by the dire events caused by Russian military actions in Ukraine.
We express our condolences to all affected people and sincerely hope for a prompt transition to peace.
Model info
Transcription factorRFX2
(GeneCards)
ModelRFX2_HUMAN.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length20
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusbbbGTTGCCAKGGhRACvvv
Best auROC (human)0.981
Best auROC (mouse)0.993
Peak sets in benchmark (human)7
Peak sets in benchmark (mouse)7
Aligned words355
TF familyRFX-related factors {3.3.3}
TF subfamilyRFX2 {3.3.3.0.2}
HGNCHGNC:9983
EntrezGeneGeneID:5990
(SSTAR profile)
UniProt IDRFX2_HUMAN
UniProt ACP48378
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 0.24761
0.0005 2.82601
0.0001 8.37251
GTEx tissue expression atlas RFX2 expression
ReMap ChIP-seq dataset list RFX2 datasets
Motifs in JASPAR
MA0600.1 (RFX2; Homo sapiens)
MA0600.2 (RFX2; Homo sapiens)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
016.021.05.09.04.061.029.029.012.080.026.021.03.028.018.03.0
021.07.014.03.023.061.082.024.06.047.019.06.05.014.037.06.0
031.00.034.00.01.00.0128.00.01.00.0151.00.01.00.038.00.0
040.00.00.04.00.00.00.00.02.03.01.0345.00.00.00.00.0
050.00.00.02.00.00.00.03.00.00.00.01.06.024.05.0314.0
062.00.03.01.04.00.018.02.01.00.04.00.044.00.0258.018.0
070.050.00.01.00.00.00.00.00.0254.00.029.00.021.00.00.0
080.00.00.00.00.0251.00.074.00.00.00.00.00.026.00.04.0
090.00.00.00.0219.013.019.026.00.00.00.00.069.00.08.01.0
1025.017.039.0207.01.02.06.04.04.02.09.012.07.00.07.013.0
110.00.037.00.01.00.020.00.00.01.060.00.016.01.0219.00.0
122.00.015.00.00.00.02.00.027.03.0306.00.00.00.00.00.0
131.024.04.00.01.02.00.00.089.0145.041.048.00.00.00.00.0
1424.02.063.02.082.02.085.02.030.02.011.02.018.02.023.05.0
15117.06.029.02.06.00.00.02.0157.015.06.04.07.02.01.01.0
163.0262.04.018.00.017.03.03.00.032.01.03.04.02.01.02.0
171.06.00.00.068.099.0112.034.02.03.03.01.04.02.016.04.0
1812.09.052.02.025.020.059.06.027.045.051.08.06.010.019.04.0
196.023.037.04.08.025.039.012.026.064.070.021.02.07.09.02.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
01-1.265-0.054-1.436-0.879-1.6421.0010.2640.264-0.6011.2710.156-0.054-1.9020.229-0.205-1.902
02-2.803-1.119-0.451-1.9020.0351.0011.2950.077-1.2650.742-0.152-1.265-1.436-0.4510.505-1.265
03-2.803-4.1180.421-4.118-2.803-4.1181.739-4.118-2.803-4.1181.904-4.118-2.803-4.1180.531-4.118
04-4.118-4.118-4.118-1.642-4.118-4.118-4.118-4.118-2.254-1.902-2.8032.729-4.118-4.118-4.118-4.118
05-4.118-4.118-4.118-2.254-4.118-4.118-4.118-1.902-4.118-4.118-4.118-2.803-1.2650.077-1.4362.635
06-2.254-4.118-1.902-2.803-1.642-4.118-0.205-2.254-2.803-4.118-1.642-4.1180.677-4.1182.438-0.205
07-4.1180.803-4.118-2.803-4.118-4.118-4.118-4.118-4.1182.423-4.1180.264-4.118-0.054-4.118-4.118
08-4.118-4.118-4.118-4.118-4.1182.411-4.1181.193-4.118-4.118-4.118-4.118-4.1180.156-4.118-1.642
09-4.118-4.118-4.118-4.1182.275-0.523-0.1520.156-4.118-4.118-4.118-4.1181.123-4.118-0.992-2.803
100.118-0.2610.5572.219-2.803-2.254-1.265-1.642-1.642-2.254-0.879-0.601-1.119-4.118-1.119-0.523
11-4.118-4.1180.505-4.118-2.803-4.118-0.102-4.118-4.118-2.8030.985-4.118-0.321-2.8032.275-4.118
12-2.254-4.118-0.384-4.118-4.118-4.118-2.254-4.1180.193-1.9022.609-4.118-4.118-4.118-4.118-4.118
13-2.8030.077-1.642-4.118-2.803-2.254-4.118-4.1181.3771.8630.6070.763-4.118-4.118-4.118-4.118
140.077-2.2541.033-2.2541.295-2.2541.331-2.2540.297-2.254-0.685-2.254-0.205-2.2540.035-1.436
151.649-1.2650.264-2.254-1.265-4.118-4.118-2.2541.943-0.384-1.265-1.642-1.119-2.254-2.803-2.803
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17-2.803-1.265-4.118-4.1181.1091.4831.6060.421-2.254-1.902-1.902-2.803-1.642-2.254-0.321-1.642
18-0.601-0.8790.842-2.2540.118-0.1020.968-1.2650.1930.6990.823-0.992-1.265-0.777-0.152-1.642
19-1.2650.0350.505-1.642-0.9920.1180.557-0.6010.1561.0491.138-0.054-2.254-1.119-0.879-2.254