Check the newest release v13
Model info
Transcription factorSMARCA5
(GeneCards)
ModelSMCA5_HUMAN.H11DI.0.C
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length18
Quality
C
Motif rank
0
ConsensusdRMMAShRbSWKbCWSWd
Best auROC (human)0.668
Best auROC (mouse)0.729
Peak sets in benchmark (human)3
Peak sets in benchmark (mouse)2
Aligned words274
TF familyMyb/SANT domain factors {3.5.1}
TF subfamilySMARCA-like factors {3.5.1.5}
HGNCHGNC:11101
EntrezGeneGeneID:8467
(SSTAR profile)
UniProt IDSMCA5_HUMAN
UniProt ACO60264
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 9.590209999999999
0.0005 11.266660000000002
0.0001 14.79071
GTEx tissue expression atlas SMARCA5 expression
ReMap ChIP-seq dataset list SMARCA5 datasets
Motifs in JASPAR
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
018.03.095.014.08.07.013.012.014.06.022.03.011.09.030.09.0
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0438.00.00.00.0190.00.05.02.05.00.02.00.019.00.03.00.0
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1022.01.00.00.0130.014.03.035.016.07.00.013.012.03.02.06.0
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124.03.05.06.011.017.01.010.015.08.014.010.08.015.043.094.0
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141.04.00.09.034.021.02.0167.03.012.03.03.01.00.01.03.0
152.023.014.00.03.031.03.00.02.01.03.00.06.0113.058.05.0
166.02.01.04.0121.025.01.021.033.07.04.034.02.01.00.02.0
1722.025.0102.013.010.012.04.09.00.03.02.01.014.01.015.031.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
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030.3262.03-1.616-0.093-1.1470.796-1.97-1.147-0.9760.138-1.97-2.525-1.354-0.233-3.878-2.525
040.822-3.878-3.878-3.8782.425-3.878-1.147-1.97-1.147-3.878-1.97-3.8780.138-3.878-1.616-3.878
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