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Model info
Transcription factorSrf
ModelSRF_MOUSE.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length21
Quality
A
Motif rank
0
ConsensushhhdYKbCCTTWTWTGGvhdb
Best auROC (human)0.951
Best auROC (mouse)0.988
Peak sets in benchmark (human)46
Peak sets in benchmark (mouse)37
Aligned words322
TF familyResponders to external signals (SRF/RLM1) {5.1.2}
TF subfamilySRF {5.1.2.0.1}
MGIMGI:106658
EntrezGeneGeneID:20807
(SSTAR profile)
UniProt IDSRF_MOUSE
UniProt ACQ9JM73
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 8.54166
0.0005 10.64771
0.0001 15.110660000000001
GTEx tissue expression atlas Srf expression
Motifs in JASPAR
MA0083.1 (SRF; Homo sapiens)
MA0083.2 (SRF; Homo sapiens)
MA0083.3 (SRF; Homo sapiens)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
0119.020.017.013.013.035.08.017.010.018.010.011.010.071.014.029.0
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0318.014.015.09.029.014.010.011.018.09.08.05.065.015.041.034.0
0419.016.010.085.012.06.03.031.08.018.05.043.03.06.04.046.0
055.05.022.010.05.02.06.033.04.05.01.012.09.09.063.0124.0
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105.03.01.072.00.03.00.03.00.00.00.02.015.08.01.0202.0
1117.02.00.01.01.02.01.010.00.00.02.00.0188.013.04.074.0
1215.02.02.0187.04.02.00.011.00.00.00.07.04.01.06.074.0
1317.01.03.02.00.01.00.04.01.02.04.01.099.021.08.0151.0
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163.01.026.01.00.00.01.00.01.00.0269.08.01.00.00.04.0
170.04.01.00.01.00.00.00.050.0156.051.039.03.06.00.04.0
1821.015.07.011.052.064.07.043.014.024.03.011.010.017.08.08.0
1935.05.040.017.090.012.03.015.09.05.08.03.025.06.012.030.0
2022.059.023.055.01.010.05.012.011.022.010.020.04.011.024.026.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
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09-4.021-4.021-4.021-1.7861.311-2.14-2.6912.374-4.021-2.691-4.021-2.14-1.002-1.786-2.691-1.148
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12-0.266-2.14-2.142.235-1.526-2.14-4.021-0.568-4.021-4.021-4.021-1.002-1.526-2.691-1.1481.311
13-0.144-2.691-1.786-2.14-4.021-2.691-4.021-1.526-2.691-2.14-1.526-2.6911.6010.063-0.8752.022
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