Check the newest release v12
Model info
Transcription factorTGIF1
(GeneCards)
ModelTGIF1_HUMAN.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length11
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusnTGACAGSnvn
Best auROC (human)0.812
Best auROC (mouse)0.981
Peak sets in benchmark (human)2
Peak sets in benchmark (mouse)5
Aligned words142
TF familyTALE-type homeo domain factors {3.1.4}
TF subfamilyTGIF {3.1.4.6}
HGNCHGNC:11776
EntrezGeneGeneID:7050
(SSTAR profile)
UniProt IDTGIF1_HUMAN
UniProt ACQ15583
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 8.301455
0.0005 10.61787
0.0001 15.107785
GTEx tissue expression atlas TGIF1 expression
ReMap ChIP-seq dataset list TGIF1 datasets
Motifs in JASPAR
MA0796.1 (TGIF1; Homo sapiens)
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
011.00.01.024.00.02.00.043.00.02.03.038.04.00.00.018.0
021.00.04.00.00.02.02.00.00.00.03.01.00.01.0122.00.0
031.00.00.00.02.00.01.00.0130.00.01.00.01.00.00.00.0
042.0132.00.00.00.00.00.00.00.02.00.00.00.00.00.00.0
051.01.00.00.0133.01.00.00.00.00.00.00.00.00.00.00.0
0611.05.0118.00.01.01.00.00.00.00.00.00.00.00.00.00.0
070.05.07.00.02.04.00.00.011.074.021.012.00.00.00.00.0
084.01.06.02.019.012.09.043.06.05.01.016.00.00.02.010.0
096.05.018.00.010.01.02.05.00.04.010.04.04.022.038.07.0
104.06.08.02.09.010.03.010.015.020.016.017.03.02.010.01.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
01-1.908-3.356-1.9081.015-3.356-1.34-3.3561.593-3.356-1.34-0.9791.47-0.715-3.356-3.3560.732
02-1.908-3.356-0.715-3.356-3.356-1.34-1.34-3.356-3.356-3.356-0.979-1.908-3.356-1.9082.631-3.356
03-1.908-3.356-3.356-3.356-1.34-3.356-1.908-3.3562.694-3.356-1.908-3.356-1.908-3.356-3.356-3.356
04-1.342.71-3.356-3.356-3.356-3.356-3.356-3.356-3.356-1.34-3.356-3.356-3.356-3.356-3.356-3.356
05-1.908-1.908-3.356-3.3562.717-1.908-3.356-3.356-3.356-3.356-3.356-3.356-3.356-3.356-3.356-3.356
060.25-0.5072.598-3.356-1.908-1.908-3.356-3.356-3.356-3.356-3.356-3.356-3.356-3.356-3.356-3.356
07-3.356-0.507-0.187-3.356-1.34-0.715-3.356-3.3560.252.1330.8830.335-3.356-3.356-3.356-3.356
08-0.715-1.908-0.334-1.340.7850.3350.0551.593-0.334-0.507-1.9080.616-3.356-3.356-1.340.157
09-0.334-0.5070.732-3.3560.157-1.908-1.34-0.507-3.356-0.7150.157-0.715-0.7150.9291.47-0.187
10-0.715-0.334-0.058-1.340.0550.157-0.9790.1570.5530.8350.6160.676-0.979-1.340.157-1.908