We, Russian scientists of the autosome team, are depressed by the dire events caused by Russian military actions in Ukraine.
We express our condolences to all affected people and sincerely hope for a prompt transition to peace.
Model info
Transcription factorTWIST1
(GeneCards)
ModelTWST1_HUMAN.H11DI.0.A
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length20
Quality
A
Motif rank
0
ConsensusnvCAKCTGKhhbbvAKhWdn
Best auROC (human)0.997
Best auROC (mouse)0.568
Peak sets in benchmark (human)9
Peak sets in benchmark (mouse)8
Aligned words225
TF familyTal-related factors {1.2.3}
TF subfamilyTwist-like factors {1.2.3.2}
HGNCHGNC:12428
EntrezGeneGeneID:7291
(SSTAR profile)
UniProt IDTWST1_HUMAN
UniProt ACQ15672
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 7.029010000000001
0.0005 9.349160000000001
0.0001 14.257660000000001
GTEx tissue expression atlas TWIST1 expression
ReMap ChIP-seq dataset list TWIST1 datasets
Motifs in JASPAR
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
0137.014.017.01.036.012.09.03.028.014.014.02.08.011.017.02.0
022.0105.02.00.05.046.00.00.06.050.01.00.00.08.00.00.0
0311.00.02.00.0204.00.04.01.00.00.03.00.00.00.00.00.0
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050.01.00.00.03.07.00.00.012.049.02.00.012.0126.011.02.0
061.00.00.026.00.00.00.0183.00.00.00.013.00.00.00.02.0
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080.00.00.01.00.00.00.00.01.031.0129.062.00.00.00.01.0
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1111.010.016.015.04.011.03.020.07.06.04.04.02.034.010.068.0
123.013.01.07.06.034.00.021.00.022.04.07.05.043.018.041.0
136.07.01.00.047.057.05.03.01.015.02.05.025.021.024.06.0
1473.01.05.00.098.00.00.02.027.01.03.01.06.00.08.00.0
151.011.039.0153.00.00.00.02.02.02.02.010.00.00.01.02.0
162.01.00.00.06.01.06.00.017.011.010.04.012.026.06.0123.0
1710.02.05.020.021.02.00.016.07.05.03.07.094.01.05.027.0
1843.013.053.023.02.02.05.01.06.03.03.01.013.02.045.010.0
1915.04.034.011.04.08.01.07.09.041.033.023.08.013.08.06.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
010.953-0.0040.186-2.3760.926-0.155-0.433-1.4620.677-0.004-0.004-1.818-0.546-0.2390.186-1.818
02-1.8181.99-1.818-3.751-0.9921.169-3.751-3.751-0.8211.251-2.376-3.751-3.751-0.546-3.751-3.751
03-0.239-3.751-1.818-3.7512.652-3.751-1.2-2.376-3.751-3.751-1.462-3.751-3.751-3.751-3.751-3.751
04-2.376-0.3311.4332.305-3.751-3.751-3.751-3.751-3.751-3.751-1.818-0.674-3.751-3.751-2.376-3.751
05-3.751-2.376-3.751-3.751-1.462-0.674-3.751-3.751-0.1551.231-1.818-3.751-0.1552.172-0.239-1.818
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07-3.751-3.751-2.376-3.751-3.751-3.751-3.751-3.751-3.751-3.751-3.751-3.751-2.376-3.7512.737-2.376
08-3.751-3.751-3.751-2.376-3.751-3.751-3.751-3.751-2.3760.7782.1951.465-3.751-3.751-3.751-2.376
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11-0.239-0.3310.1260.063-1.2-0.239-1.4620.345-0.674-0.821-1.2-1.2-1.8180.869-0.3311.557
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13-0.821-0.674-2.376-3.7511.191.382-0.992-1.462-2.3760.063-1.818-0.9920.5650.3930.525-0.821
141.628-2.376-0.992-3.7511.921-3.751-3.751-1.8180.641-2.376-1.462-2.376-0.821-3.751-0.546-3.751
15-2.376-0.2391.0052.365-3.751-3.751-3.751-1.818-1.818-1.818-1.818-0.331-3.751-3.751-2.376-1.818
16-1.818-2.376-3.751-3.751-0.821-2.376-0.821-3.7510.186-0.239-0.331-1.2-0.1550.604-0.8212.148
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190.063-1.20.869-0.239-1.2-0.546-2.376-0.674-0.4331.0540.8390.483-0.546-0.077-0.546-0.821