We, Russian scientists of the autosome team, are depressed by the dire events caused by Russian military actions in Ukraine.
We express our condolences to all affected people and sincerely hope for a prompt transition to peace.
Model info
Transcription factorZNF140
(GeneCards)
ModelZN140_HUMAN.H11DI.0.C
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length27
Quality
C
Motif rank
0
ConsensusYRAYYCAGCAATTCCACTCCYRRRYRY
Best auROC (human)0.98
Best auROC (mouse)
Peak sets in benchmark (human)4
Peak sets in benchmark (mouse)
Aligned words249
TF familyMore than 3 adjacent zinc finger factors {2.3.3}
TF subfamilyZNF302-like factors {2.3.3.44}
HGNCHGNC:12925
EntrezGeneGeneID:7699
(SSTAR profile)
UniProt IDZN140_HUMAN
UniProt ACP52738
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 -13.81139
0.0005 -10.50309
0.0001 -3.17674
GTEx tissue expression atlas ZNF140 expression
ReMap ChIP-seq dataset list ZNF140 datasets
Motifs in JASPAR
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
012.05.03.08.021.04.08.02.07.00.014.02.022.06.0142.03.0
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2225.05.0146.06.04.04.03.00.06.06.019.01.05.04.09.06.0
236.02.026.06.01.07.04.07.026.016.0118.017.03.01.05.04.0
242.03.03.028.04.09.01.012.014.020.010.0109.06.05.06.017.0
2515.02.02.07.025.05.00.07.07.05.06.02.0122.07.030.07.0
268.018.012.0131.06.03.00.010.01.04.03.030.05.07.02.09.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
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03-1.0912.126-0.2541.229-1.915-0.773-3.831-0.773-1.915-0.176-1.915-1.559-1.915-0.919-3.831-2.471
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09-3.831-3.831-3.831-3.8312.744-3.831-2.471-2.471-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831
102.732-3.831-1.559-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-2.471-3.831-3.831-3.831-2.471-3.831-3.831-3.831
11-3.831-3.831-3.8312.74-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-1.559-3.831-3.831-3.831-3.831
12-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.8312.752
13-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.8312.752-3.831-3.831
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16-3.8312.205-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.8311.89-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831
17-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-1.559-3.8312.74-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831-3.831
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