We, Russian scientists of the autosome team, are depressed by the dire events caused by Russian military actions in Ukraine.
We express our condolences to all affected people and sincerely hope for a prompt transition to peace.
Model info
Transcription factorZNF549
(GeneCards)
ModelZN549_HUMAN.H11DI.0.C
Model typeDinucleotide PWM
LOGO
LOGO (reverse complement)
Data sourceChIP-Seq
Model releaseHOCOMOCOv11
Model length23
Quality
C
Motif rank
0
ConsensusdYYAKvRRhhGGRSAGShhhnnd
Best auROC (human)0.973
Best auROC (mouse)
Peak sets in benchmark (human)3
Peak sets in benchmark (mouse)
Aligned words317
TF familyMore than 3 adjacent zinc finger factors {2.3.3}
TF subfamilyunclassified {2.3.3.0}
HGNCHGNC:26632
EntrezGeneGeneID:256051
(SSTAR profile)
UniProt IDZN549_HUMAN
UniProt ACQ6P9A3
(TFClass)
Comment
Downloadspcm
pwm
alignment
threshold to P-value grid
Standard thresholds
P-value
Threshold
0.001 7.919560000000001
0.0005 9.80461
0.0001 13.87971
GTEx tissue expression atlas ZNF549 expression
ReMap ChIP-seq dataset list ZNF549 datasets
Motifs in JASPAR
PCM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
018.06.04.030.05.04.00.032.03.010.06.035.09.013.019.0130.0
021.015.07.02.03.020.00.010.02.026.00.01.02.0175.07.043.0
038.00.00.00.0221.04.03.08.09.03.01.01.054.00.00.02.0
0413.011.085.0183.04.00.00.03.02.00.01.01.03.00.06.02.0
052.07.010.03.06.01.00.04.027.016.027.022.07.024.0149.09.0
0624.05.010.03.029.03.09.07.0119.019.036.012.016.05.012.05.0
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0835.086.013.084.01.016.02.07.02.09.04.021.03.06.06.019.0
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1214.02.010.00.07.02.01.05.052.018.0179.04.03.06.05.06.0
1312.045.014.05.06.014.02.06.03.0182.06.04.00.09.04.02.0
1414.01.01.05.0212.02.013.023.021.01.00.04.010.01.04.02.0
159.09.0237.02.00.00.02.03.00.04.012.02.02.020.09.03.0
164.05.00.02.03.04.014.012.04.0220.024.012.01.00.04.05.0
176.04.00.02.0134.045.015.035.018.06.02.016.014.02.013.02.0
1837.075.027.033.010.020.05.022.02.019.05.04.03.022.013.017.0
198.014.03.027.026.056.02.052.08.016.08.018.08.038.09.021.0
206.09.028.07.055.039.04.026.03.09.06.04.014.049.035.020.0
2130.016.026.06.056.024.01.025.010.027.028.08.08.013.020.016.0
2247.09.044.04.037.017.03.023.050.05.011.09.07.07.027.014.0
PWM
AAACAGATCACCCGCTGAGCGGGTTATCTGTT
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11-1.783-1.3160.775-1.783-2.137-4.018-4.018-1.145-0.032-0.7592.335-0.657-2.137-2.688-1.523-2.688
12-0.331-2.137-0.657-4.018-0.999-2.137-2.688-1.3160.963-0.0852.194-1.523-1.783-1.145-1.316-1.145
13-0.4810.82-0.331-1.316-1.145-0.331-2.137-1.145-1.7832.211-1.145-1.523-4.018-0.759-1.523-2.137
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16-1.523-1.316-4.018-2.137-1.783-1.523-0.331-0.481-1.5232.40.198-0.481-2.688-4.018-1.523-1.316
17-1.145-1.523-4.018-2.1371.9060.82-0.2630.571-0.085-1.145-2.137-0.2-0.331-2.137-0.403-2.137
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19-0.872-0.331-1.7830.3140.2771.037-2.1370.963-0.872-0.2-0.872-0.085-0.8720.652-0.7590.067
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